不同地区和不同单位的具体操作流程可能有所不同，但一般来说，硕士三年直接认定中级职称的操作流程如下：

1. 了解相关政策：在所在单位或所在地区的职称评定机构网站上查询相关政策文件，了解硕士三年直接认定中级职称的具体条件和要求。
2. 准备相关材料：根据政策要求，准备相关的证明材料，如学历证书、学位证书、工作经历证明等。
3. 提交申请：将准备好的材料提交给所在单位的人事部门或所在地区的职称评定机构。
4. 审核认定：所在单位的人事部门或所在地区的职称评定机构会对提交的材料进行审核，并根据审核结果进行认定。
5. 领取证书：如果审核认定通过，就可以领取中级职称证书了。

需要注意的是，不同地区和不同单位的具体操作流程和要求可能会有所不同，具体操作流程应以所在单位或所在地区的职称评定机构的要求为准。

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